Від «Немає доступного лікування» до «Відсутність ознак захворювання»: огляд шляху онкології співзасновника GitLab за допомогою штучного інтелекту

Згідно з моніторингом 1M AI News, Сід Сійбрандїдж, співзасновник і виконавчий голова GitLab, нещодавно поділився своїм повним досвідом застосування ШІ для боротьби з остеосаркомою на події OpenAI Forum разом із генетиком Джейкобом Стерном. Сіду поставили діагноз спінальної остеосаркоми наприкінці 2022 року, при цьому пухлина мала розмір 6 сантиметрів у діаметрі. Після хірургічного втручання, спінальної фузії, променевої терапії та високодозової хіміотерапії у 2023 році рак рецидивував у 2024 році: стандартні варіанти лікування були значною мірою вичерпані, а його основний лікар не міг порекомендувати ефективні подальші кроки. Згодом Сід відійшов від щоденних обов’язків, щоб сформувати персональну медичну команду на чолі з колишнім керівником 10x Genomics Джейкобом Стерном, повністю взявши під контроль ухвалення рішень щодо лікування в режимі «founder mode». Команда застосувала стратегію «extreme diagnostics», проводячи всебічні аналізи пухлини за допомогою секвенування одиничних клітин, секвенування ДНК/РНК, таргетованої візуалізації та тестування органоїдів, згенерувавши загалом 25TB даних. Секвенування одиничних клітин виявило високий рівень експресії білка FAP у пухлині, що спонукало команду знайти експериментальну радіоактивну лігандну терапію, яка націлена на FAP у Німеччині. Після двох курсів некроз пухлини досяг 60%, розмір зменшився на 20%, і пухлина від’єдналася від твердої мозкової оболонки спинного мозку, що дозволило хірургам знову прооперувати та видалити її. ШІ виступав як прискорювач протягом усього процесу. Джейкоб напряму ввів дані секвенування РНК пухлини в GPT-4 для аналізу, де ШІ визначив згодом критично важливу мішень B7H3 та охарактеризував динамічні особливості імунного мікрооточення пухлини. Також команда розробила Agent-систему, яка автоматично виконує пошук літератури, формування гіпотез і біоінформатичний аналіз після введення запитань природною мовою, коштуючи приблизно $20 за один запуск і витрачаючи 30 хвилин на аналіз та підготовку звітів щодо 600,000 точок даних секвенування одиничних клітин. ШІ також використовували для допомоги в скринінгу кандидатних неоантигенів під час розробки персоналізованих вакцин проти пухлин на основі mRNA. Джейкоб зазначив, що хоча ШІ не може замінити фахівців, він дає йому змогу бути кваліфікованим співрозмовником із фахівцями, дозволяючи швидко вступати в діалог і просувати співпрацю в напрямах, де він не є експертом. Сід заявив, що після таргетованого радіоактивного лікування та операції він наразі перебуває в стані «no evidence of disease», а доступні варіанти лікування розширилися з нуля до тридцяти. Команда працює над комерціалізацією цього підходу: вона інкубувала такі компанії, як Thalus (аналіз експресії генів і пошук мішеней) та Arden (персоналізоване лікування складних імунних захворювань), прагнучи знизити бар’єри для персоналізованого лікування.