De « Aucun traitement disponible » à « Aucun signe de maladie » : un aperçu du parcours de cancer assisté par IA du co-fondateur de GitLab

D’après les informations de monitoring de 1M AI News, Sid Sijbrandij, cofondateur et président exécutif de GitLab, a récemment partagé l’intégralité de son expérience d’utilisation de l’IA pour lutter contre l’ostéosarcome lors de l’événement OpenAI Forum, aux côtés du généticien Jacob Stern. Sid a été diagnostiqué avec un ostéosarcome de la colonne vertébrale à la fin de 2022, avec une tumeur mesurant 6 centimètres de diamètre. Après avoir subi une chirurgie, une fusion vertébrale, une radiothérapie et une chimiothérapie à haute intensité en 2023, le cancer a récidivé en 2024, avec des options de traitement standard largement épuisées et son médecin traitant principal incapable de recommander des étapes suivantes efficaces. Sid a ensuite quitté ses responsabilités quotidiennes pour constituer une équipe médicale personnelle, menée par l’ancien cadre de 10x Genomics Jacob Stern, prenant l’entière responsabilité de ses décisions de traitement en mode « founder mode ». L’équipe a adopté une stratégie de « diagnostics extrêmes », réalisant des analyses approfondies de la tumeur grâce au séquençage single-cell, au séquençage ADN/ARN, à l’imagerie ciblée et aux tests d’organoïdes, pour produire un total de 25TB de données. Le séquençage single-cell a révélé une forte expression de la protéine FAP dans la tumeur, amenant l’équipe à trouver en Allemagne une thérapie expérimentale par ligand radioactif ciblant FAP. Après deux traitements, la nécrose tumorale a atteint 60%, la taille a diminué de 20% et la tumeur s’est détachée de la dure-mère vertébrale, permettant aux chirurgiens d’opérer à nouveau et de l’enlever. L’IA a servi d’accélérateur tout au long du processus. Jacob a directement saisi les données de séquençage de l’ARN de la tumeur dans GPT-4 pour analyse, où l’IA a identifié ensuite la cible cruciale B7H3 et caractérisé les caractéristiques dynamiques du microenvironnement immunitaire tumoral. L’équipe a également développé un système d’Agent qui effectue automatiquement des recherches bibliographiques, la génération d’hypothèses et l’analyse bioinformatique à partir de questions en langage naturel, coûtant environ $20 par exécution et prenant 30 minutes pour analyser et générer des rapports sur 600,000 points de données single-cell. L’IA a aussi été utilisée pour aider au criblage de candidats néoantigènes lors de la conception de vaccins personnalisés de tumeur à base d’ARNm. Jacob a noté qu’alors que l’IA ne peut pas remplacer les spécialistes, elle lui permet de devenir un interlocuteur qualifié avec eux, et de s’engager rapidement et de faire avancer la collaboration dans des domaines où il n’est pas expert. Sid a déclaré qu’après le traitement radioactif ciblé et la chirurgie, il est actuellement dans un état de « absence de signes de maladie », avec des options de traitement disponibles passées de zéro à trente. L’équipe travaille à commercialiser cette approche, ayant incubé des entreprises telles que Thalus (analyse d’expression génique et découverte de cibles) et Arden (traitement personnalisé des maladies immunitaires complexes), dans le but de réduire les barrières à un traitement personnalisé.