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Conflito de Civilizações: A tese central é que, após a Guerra Fria, a principal fonte de conflito no mundo não é mais a ideologia ou a economia, mas as diferenças culturais e religiosas. O núcleo da política global será o confronto entre a "civilização ocidental" e as "civilizações não ocidentais" (como o Islã, a civilização chinesa, etc.).
Obra representativa: "O Choque de Civilizações e a Reconstrução da Ordem Mundial" (1996)
Lógica básica: Huntington (antigo mentor de Fukuyama) acredita que a Guerra Fria ocultou a antiga identidade cultural. Com o avanço da globalização, as pessoas ao redor do mundo estão redescobrindo suas raízes culturais, o que levará à evolução das linhas de fratura entre diferentes civilizações, transformando-se em linhas de conflito.